Tunel, který je podle všeho nejstarším uměle vytvořenou stavbou svého druhu v Evropě, vznikl v 6. století před naším letopočtem. Je velkolepým stavebním pomníkem samoského vládce Polykrata, ale především mistrovským inženýrským dílem stavitele Eupalina z Megary. Spekuluje se i o tom, že na projektu se svými výpočty podílel sám Pythagoras. Někteří historikové ale naopak dovozují, že slavný matematik měl s Polykratem vážné rozepře a že právě kvůli němu z ostrova odešel do jižní Itálie, kde založil svou filozofickou školu.
Eupalinův tunel ale archeologové mohou dnes popsat s naprostou přesností: Měří 1036 metrů, horu Kastro protíná napříč od severu k jihu, v úrovni 180 metrů pod jejím vrcholem. Antický historik Herodotos, díky jehož popisu byl tunel koncem 19. století odkryt, jej nazývá „dvouústým tunelem“. Kopat jej začali z obou stran hory zároveň; než se jeho budovatelé uprostřed hory setkali, což právě bylo předmětem náročných měření a výpočtů, uplynulo prý deset let. Otvor má rozměry 1,8 x 1,8m, jak se můžete procházkou po jeho turistům přistupné, osvětlené části, přesvědčit. Tunel sloužil jako akvadukt – jeho účelem bylo vést vodu do města během obléhání nepřáteli, kterých vášnivý válečník Polykratés neměl právě málo. Bylo zde umístěno keramické potrubí, ale výška a šířka otvoru umožňovala také přístup lidem, z toho lze usoudit, že stavba mohla sloužit i jako úniková cesta.
Jako většina ostrovů egejské oblasti prodělal Samos bouřlivou historii vzestupů i pádů. Největšího rozmachu dosáhl právě za Polykrata, který se tu zmocnil vlády v polovině 6. století př.n.l. poněkud drsným způsobem - postupně se zbavil obou svých bratrů, s nimiž se o území ostrova původně dělil. Jednoho z nich zabil a druhého prostě vyhnal. Proslul jako námořní dobyvatel okolních ostrovů a jako tvrdý a úspěšný vládce.
Za vlády schopného a ambiciózního Polykrata se prosperující Samos stal i významným střediskem věd a umění a rozvíjela se tu rozsáhlá stavební činnost. K jejím pozůstatkům patří kromě Eupalinova tunelu také naleziště v Ireonu, kam z Pythagorionu vedla "Posvátná cesta". V Ireonu, nebo též Heraionu, nazývaném podle mocné bohyně, která prý se právě zde narodila, nechal Polykratés postavit Chrám bohyně Héry, ve své době největší svatyni v celém Řecku. Architekt Theodoros jej dostal za úkol vybudovat na místě, kde předtím byly postupně dva chrámy zasvěcené této bohyni zničeny Peršany. 
Tato stavba v iónském slohu měla být proto ještě větší a nádhernější než ty předešlé. Protáhlý obdélník měl rozměry 51 x 102 m, chrám měl 133 sloupů a tyčil se do výšky 25 metrů. Zkáze podlehl pravděpodobně při zemětřesení někdy koncem 3. století n.l. Jeho někdejší vznešenost dnes připomíná jediný přeživší sloup, který osaměle ční na rozlehlém prostranství mezi dalšími pro fotografující turisty působivě aranžovanými kamennými zbytky velkolepé stavby. Vládce Polykrata však chrám přežil přibližně o 800 let. Ten zemřel krutou smrtí v roce 522 př.n.l. jako zajatec Peršanů znepokojených jeho rostoucí mocí, kterou dnes připomínají už jen zbytky skvělých staveb, o něž se kdysi zasloužil.
Podle antické tradice se Polykratovi vedlo tak dobře, že mu záviděli i bohové. Historik Herodotos v této souvislosti zmiňuje zajímavou pověst: Jako obratný politik Polykrates udržoval přátelské vztahy s egyptským králem Amasisem. Tento zřejmě dost opatrný pán byl toho názoru, že Polykrates je až příliš úspěšný a bohatý a radil mu zbavit se něčeho, čeho si obzvlášť cení, aby se jednou vyhnul nepříznivému obratu štěstí v neštěstí. Polykratés na jeho radu tedy vyhodil do moře drahý prsten. 
O několik dní později jakýsi rybář ulovil obzvlášť velkou rybu a rozhodl se darovat ji králi. A když králův kuchař rybu připravoval, jak jinak, prsten se našel v jejích útrobách. Polykratés se neopomněl Amasisovi pochlubit, ovšem ten, když o tomto nehorázném štěstí slyšel, své vztahy s vládcem Samu údajně přerušil. Byl si jistý, že s takovou Polykratés musí jednou špatně skončit a jak dnes s jistotou víme, nemýlil se.
Eupalinův tunel ale archeologové mohou dnes popsat s naprostou přesností: Měří 1036 metrů, horu Kastro protíná napříč od severu k jihu, v úrovni 180 metrů pod jejím vrcholem. Antický historik Herodotos, díky jehož popisu byl tunel koncem 19. století odkryt, jej nazývá „dvouústým tunelem“. Kopat jej začali z obou stran hory zároveň; než se jeho budovatelé uprostřed hory setkali, což právě bylo předmětem náročných měření a výpočtů, uplynulo prý deset let. Otvor má rozměry 1,8 x 1,8m, jak se můžete procházkou po jeho turistům přistupné, osvětlené části, přesvědčit. Tunel sloužil jako akvadukt – jeho účelem bylo vést vodu do města během obléhání nepřáteli, kterých vášnivý válečník Polykratés neměl právě málo. Bylo zde umístěno keramické potrubí, ale výška a šířka otvoru umožňovala také přístup lidem, z toho lze usoudit, že stavba mohla sloužit i jako úniková cesta.
Jako většina ostrovů egejské oblasti prodělal Samos bouřlivou historii vzestupů i pádů. Největšího rozmachu dosáhl právě za Polykrata, který se tu zmocnil vlády v polovině 6. století př.n.l. poněkud drsným způsobem - postupně se zbavil obou svých bratrů, s nimiž se o území ostrova původně dělil. Jednoho z nich zabil a druhého prostě vyhnal. Proslul jako námořní dobyvatel okolních ostrovů a jako tvrdý a úspěšný vládce.
Za vlády schopného a ambiciózního Polykrata se prosperující Samos stal i významným střediskem věd a umění a rozvíjela se tu rozsáhlá stavební činnost. K jejím pozůstatkům patří kromě Eupalinova tunelu také naleziště v Ireonu, kam z Pythagorionu vedla "Posvátná cesta". V Ireonu, nebo též Heraionu, nazývaném podle mocné bohyně, která prý se právě zde narodila, nechal Polykratés postavit Chrám bohyně Héry, ve své době největší svatyni v celém Řecku. Architekt Theodoros jej dostal za úkol vybudovat na místě, kde předtím byly postupně dva chrámy zasvěcené této bohyni zničeny Peršany. 
Tato stavba v iónském slohu měla být proto ještě větší a nádhernější než ty předešlé. Protáhlý obdélník měl rozměry 51 x 102 m, chrám měl 133 sloupů a tyčil se do výšky 25 metrů. Zkáze podlehl pravděpodobně při zemětřesení někdy koncem 3. století n.l. Jeho někdejší vznešenost dnes připomíná jediný přeživší sloup, který osaměle ční na rozlehlém prostranství mezi dalšími pro fotografující turisty působivě aranžovanými kamennými zbytky velkolepé stavby. Vládce Polykrata však chrám přežil přibližně o 800 let. Ten zemřel krutou smrtí v roce 522 př.n.l. jako zajatec Peršanů znepokojených jeho rostoucí mocí, kterou dnes připomínají už jen zbytky skvělých staveb, o něž se kdysi zasloužil.
Podle antické tradice se Polykratovi vedlo tak dobře, že mu záviděli i bohové. Historik Herodotos v této souvislosti zmiňuje zajímavou pověst: Jako obratný politik Polykrates udržoval přátelské vztahy s egyptským králem Amasisem. Tento zřejmě dost opatrný pán byl toho názoru, že Polykrates je až příliš úspěšný a bohatý a radil mu zbavit se něčeho, čeho si obzvlášť cení, aby se jednou vyhnul nepříznivému obratu štěstí v neštěstí. Polykratés na jeho radu tedy vyhodil do moře drahý prsten. 
O několik dní později jakýsi rybář ulovil obzvlášť velkou rybu a rozhodl se darovat ji králi. A když králův kuchař rybu připravoval, jak jinak, prsten se našel v jejích útrobách. Polykratés se neopomněl Amasisovi pochlubit, ovšem ten, když o tomto nehorázném štěstí slyšel, své vztahy s vládcem Samu údajně přerušil. Byl si jistý, že s takovou Polykratés musí jednou špatně skončit a jak dnes s jistotou víme, nemýlil se.
