Za výhodu hypoték lze považovat především jejich standardně nabízenou delší splatnost až 30 let a z toho plynoucí i nižší měsíční splátky zejména v porovnání s první fází splácení úvěrů stavebních spořitelen – tj. s fází překlenovacího úvěru. Za výhodu lze také považovat vyšší pružnost během čerpání úvěru na výstavbu. V poslední době je také zajímavou možností získat část hypotéky bez doložení účelu – část prostředků získaných z hypotéky tak lze použít na cokoli, např. na „placení stavebních prací levněji bez dokladů“.
Co se týče poplatků za vyřízení obou typů úvěrů, i zde jsou časté rozdíly. V zásadě je třeba počítat s poplatkem za poskytnutí úvěru, který u hypoték činí okolo 0,8% z objemu úvěru, přičemž je maximum stanoveno obvykle na částku 20 000 až 25 000 Kč. U úvěrů od stavebních spořitelen se pohybuje poplatek za poskytnutí v širokých hranicích od 5 000 Kč do 1,5% z objemu úvěru. Dalším důležitým výdajem je ocenění nemovitosti znalcem dané bankovní instituce. Přitom je třeba vyhotovit ještě před žádostí o úvěr „základní“ odhad ceny domu s pozemkem v ceně cca. 4 000 až 6 000 Kč; stavbu jezdí odhadce kontrolovat i během výstavby, přičemž jeho jedna návštěva stojí okolo 1 000 Kč. Poplatky za vedení účtů jsou u obou skupin úvěrů velmi odlišné – u stavebních spořitelen okolo 30 Kč měsíčně, u hypotéčních bank obvykle 150 Kč měsíčně. Mezi další výdaje pak patří povinné pojištění nemovitostí, případně poplatky za čerpání úvěru aj.